Description
Environnement Rstudio pour l'atelier Réseaux de l'école ETBII-2023 (https://www.france-bioinformatique.fr/formation/etbii).
Cytoscape et RstudioWeb sont disponibles et peuvent s'échanger des données. Il vous suffit d'utiliser le répertoire commun $HOME/data/mydatalocaldans Cytoscape et HOME/mydatalocal dans RstudioWeb.
Usage
- RstudioWeb
Suivre le lien https de la VM et utliser les identifiants fournis dans Params.
- Cytoscape
Se connecter avec le client X2Go (cf. la doc Biosphere en ligne https://ifb-elixirfr.github.io/biosphere/vm_connect) en utilisant les paramètres indiqués dans Params.
Tools
- BiNGO (Cytoscape)
- Bureau virtuel
- compositions (R)
- Cytoscape
- DESeq2
- ecodist
- igraph
- MMseqs2
- network
- Omics Visualizer (Cytoscape)
- RStudio
- SNFtool
- stringApp (Cytoscape)
- WGCNA
- WikiPathways (Cytoscape)
- X2Go
- XFCE
- yFiles Layout Algorithms (Cytoscape)
| OS | Ubuntu 20.04 |
|---|---|
| App recipe (git) | https://gitlab.in2p3.fr/ifb-biosphere/apps/etbii-reseaux-biospherapp |
| Base app | Cytoscape |
Specifications
| Version | 1.1 |
|---|---|
| Created | Jan. 11, 2023, 3:07 p.m. |
| Last update | Jan. 16, 2023, 9:56 a.m. |
| Average deployment time (hh:mm:ss) | last day | last week | last month | last year |
|---|---|---|---|---|
| Global | -- | -- | -- | 00:25:24 |
